数学科学学院建有分析数学教研室、几何与拓扑教研室、代数与数论教研室、计算数学与计算机数学教研室、概率论与数理统计教研室、运筹学与控制论教研室共6个教研室；有一级学科5个、二级学科15个；有数学、系统科学、统计学、计算机科学与技术、管理科学与工程5个一级学科博士学位授权点，10个二级学科博士学位授权点。
截至2020年底，学院教职工115人，其中，教授77人、副教授31人、行政人员7人，包括中国科学院院士6人、国家杰出青年科学基金获得者44人。2020年，学院获得校级优秀集体。学院教师获中国科学院教育教学成果奖特等奖1项，二等奖1项，获中国科学院大学教育教学成果奖特等奖1项，二等奖1项；获2020年中国科学院大学“中国科学院朱李月华优秀教师奖”4项；获中国科学院大学2020年度“李佩教师奉献奖”1项；获中国科学院大学2020年“学院级研究生优秀课程奖”3项，获中国科学院大学2020年“校级研究生优秀课程奖”及“学院级研究生优秀课程奖”4项。
