数学科学学院下设6个教研室，分别为分析数学教研室、几何与拓扑教研室、代数与数论教研室、计算数学与计算机数学教研室、概率论与数理统计教研室、运筹学与控制论教研室。
1、分析数学与微分方程教研室
主任：周向宇；副主任：邓富声
主要研究方向：复分析、多复变与复几何、复动力系统、泛函分析、几何分析、调和分析、偏微分方程及其应用、动力系统、数学物理等。
开设的本科生主要课程：微积分、复分析、实分析、微分方程、泛函分析、调和分析与偏微分方程、分析类研讨课等。
开设的研究生主要课程：偏微分方程概论、现代实分析、现代复分析、高等泛函分析、泛函分析Ⅱ、调和分析导论、椭圆与抛物型偏微分方程。
2、几何与拓扑教研室
主任：潘建中
主要研究方向：几何拓扑、代数拓扑、微分拓扑、复几何、几何分析、微分几何、非交换几何等。
开设的本科生主要课程：拓扑基础、微分几何、微分流形、代数拓扑基础、辛几何简介、几何类研讨课等。
开设的研究生主要课程：微分流形、黎曼几何、李群与齐性空间、黎曼曲面、微分拓扑、代数拓扑I、代数拓扑Ⅱ。
3、代数与数论教研室
主任：徐晓平
主要研究方向：代数群、代数几何、群表示理论、数论、Langlands纲领、李代数等。
开设的本科生主要课程：线性代数、代数、解析数论导引、代数几何、表示论基础、代数数论研讨课、代数几何研讨课等。
开设的研究生主要课程：代数I、代数Ⅱ、代数Ⅲ、代数数论、抽象代数。
4、计算数学与计算机数学教研室
主任：郑伟英
主要研究方向：有限元方法、最优化方法与数值代数、动力系统保结构方法、材料科学计算、流体与电磁场计算、高性能科学计算与软件、机械化数学、信息安全理论等。
开设的本科生主要课程：数值分析、微分方程数值解、应用数学研讨课（凸分析与数值优化）等。
开设的研究生主要课程：最优化计算方法、数值分析、数值线性代数、微分方程数值解、数值逼近、凸分析与优化、有限元方法的数学基础、动力系统的几何算法、随机微分方程数值解、计算机代数、纠错码、密码学、计算代数几何引论、数学物理方法
5、概率论与数理统计教研室
主任：董昭
主要研究方向：随机分析、随机微分几何、随机动力系统、随机复杂网络、概率论与量子信息、金融数学、数理统计、时间序列分析、生存分析、高维数据分析、生物与医学统计、金融统计、质量科学与可靠性统计、工业统计与信号处理、应用统计等
开设的本科生主要课程：开设的本科生主要课程：概率论与数理统计、概率论、数理统计、应用随机过程、多元统计、应用数学研讨课（统计学）等。
开设的研究生主要课程：高等概率论、高等数理统计、多元统计分析、非参数统计、实验设计与分析、回归分析、随机过程、随机分析、现代统计方法、生存分析、时间序列分析、统计软件SAS。
6、运筹学与控制论教研室
主任：胡旭东
主要研究方向：随机优化、图论与组合优化、信息与优化、算法博弈论、马尔可夫决策、复杂系统控制理论、社会网络和演化动力学等。
开设的本科生主要课程：组合数学、控制理论导论、应用数学研讨课（离散数学与优化）、应用数学研讨课（控制论）等。
开设的研究生主要课程：运筹学、非线性动力学及系统稳定性、组合最优化、学习最优化方法、随机运筹学、图论与网络流、多个体系统与复杂网络、鲁棒优化、博弈论导引、数据分析的优化方法、时间序列与系统估计、现代控制理论基础、系统优化与鲁棒性
